藍藻水主要呈現出灰綠色或藍綠色，主要是由于水生態系統底質老化或有機物大量增加，水溫升高，水體營養不平衡，該種水體中缺少氮環境導致其他藻類不能存活，唯有藍藻可以大量繁殖。藍藻初期，水生態系統顏色為翠綠色，很快水面會浮一層綠膜，如不及時處理，藍藻會很快漫布整個水生態系統。藍藻的危害：消耗水體溶解氧。當水體中的藍藻形成水華時，一方面嚴重抑制了浮游植物因光合作用所產生的氧氣，另一方面也阻隔了空氣中的氣體進入水中，因而導致水生態系統中溶解氧嚴重不足，長時間出現缺氧或者亞缺氧狀態，使水生態系統水體持續惡化，抑制了水體中有益浮游生物的生長繁殖、阻礙了其它藻類的光合作用，使水體中的絲狀藻類和浮游藻類等不能合成本身所需要的營養物質而死亡。產生有毒有害物質。藍藻大量死亡時會產生藍藻毒素、大量羥胺及硫化氫等有毒有害物質嚴重敗壞水生態系統環境;另外死亡的藍藻釋放大量有機質，散發腥臭味，刺激了化能異養細菌的滋生，其中大部分化能異養細菌對水生動物及植物來說并不是有益菌，而是致病菌，從而進一步對水生態系統構成威脅。